主要用于丁苯橡胶及其他高分子乳液催化聚合配制乳化剂。黄素腺嘌呤二核苷酸（FAD）被用作黄素蛋白的氧化还原辅因子（电子载体），这些黄素蛋白包括琥珀酸脱氢酶（复合物）、α-酮戊二酸脱氢酶、凋亡诱导因子2（AIF-M2，AMID）、叶酸/FAD依赖性tRNA甲基转移酶和N-羟基化黄素蛋白单加氧酶。 FAD是丙酮酸脱氢酶复合物的组分。


黄素腺嘌呤二核苷酸二钠盐水合物已被用作植物组织提取用萃取缓冲液的一种成分。它还被用于研究其对小鼠大脑中动脉阻塞（MCAO）的脑梗塞面积的影响。